Керженский заповедник расположен в 100 км от Нижнего Новгорода в Южном Заволжье - в крае, где царствуют сосновые леса и болота. Речную сеть заповедника образуют река Керженец, по которой проходит западная граница заповедника, и её левые притоки. Все озера на территории заповедника пойменные (старицы Керженца). В Керженском заповеднике сохранились в естественном состоянии торфяные болота, которые входят в состав водно-болотных угодий международного значения Камско-Бакалдинскую группу болот.